Tháng 2 năm 2003, Mohamed ElBaradei đến Iran với một nhóm thanh tra để điều tra chương trình hạt nhân của Iran. Vào khoảng tháng Mười, ElBaradei tuyên bố rằng không có chứng cớ Iran đang theo đuổi chương trình vũ khí hạt nhân. Tháng 12 năm 2003, Iran ký nghị định thư bổ sung tại trụ sở IAEA ở Wien, và hành xử phù hợp với những điều khoản của nghị định thư trong khi chờ đợi nghị định thư này được phê chuẩn.

Ngày 9 tháng 8 năm 2005, Ayatollah Ali Khamenei ban hành một sắc chỉ tôn giáo (fatwa) cấm sản xuất, tồn trữ và sử dụng các loại vũ khí hạt nhân. Toàn văn sắc chỉ này được đưa ra trong một thông cáo chính thức tại một cuộc họp với IAEA ở Wien.

Tháng 9 năm 2005, Trung tâm Nghiên cứu Chiến lược và Quốc tế kết luận trong một bản tường trình rằng từ nhiều năm qua Iran không có khả năng sản xuất vũ khí hạt nhân.

Tuy nhiên, ngày 9 tháng 1 năm 2006, Iran tuyên bố tái lập chương trình nghiên cứu và phát triển năng lượng hạt nhân bất kể những phản ứng và áp lực đến từ Hoa Kỳ, Liên minh châu Âu và Nga.

Với số phiếu biểu quyết 27-3, ngày 4 tháng 2 năm 2006, Cơ quan Năng lượng Nguyên tử chuyển giao vụ việc này cho Hội đồng Bảo an Liên Hiệp Quốc.